El CAAAP dedica su atención a cuatro de los principales pueblos indígenas: Asháninka, Aguaruna, Shipibo-konibo y Kechwa-Lamista. Con el objetivo de cualificar su intervención concentra sus acciones en cuatro zonas geográficas:

San Martín

La región, debido a su ubicación y riqueza forestal, sufre una gran migración por parte de personas de otros departamentos del Perú, en especial de Cajamarca, Amazonas, la Libertad, Lambayeque y Piura; se presume que alrededor de 100 familias ingresan diariamente a la región.  San Martín es la región con mayor deforestación en el Perú, sumándose a esto las concesiones forestales y las concesiones solicitadas al Estado. 

En esta región se encuentran los pueblos indígenas Awajun y Kechwa-Lamista. 

La labor en esta región se orienta a atender cuatro líneas de acción: 

En la línea de Derechos Humanos y Cultura de Paz, nuestra acción se orienta a fortalecer la vigencia y ejercicio de los derechos de los pueblos indígenas, promoviendo el funcionamiento de las instancias especializadas en pueblos indígenas como entes rectores de políticas públicas; así como trabajar en pro de la territorialidad de las comunidades indígenas y la difusión de sus derechos humanos y de una cultura de paz. 

En la línea de Democracia y Participación Ciudadana se busca que las organizaciones, líderes y lideresas indígenas incrementen su liderazgo regional, participen en los espacios de decisión política regional y ejerzan vigilancia ciudadana en temas de territorio, educación y justicia en el marco del Convenio 169 de la OIT. 

En la línea de Promoción Humana y Procesos de Desarrollo Local y Regional se plantea que niños y niñas indígenas escolarizadas desarrollen capacidades y habilidades de aprendizaje, a partir del fortalecimiento de sus valores culturales, la memoria colectiva de sus pueblos y el ejercicio de sus derechos desde la equidad de género. 

En la línea de Cultura e Interculturalidad se trabaja para fortalecer la Jurisdicción  Indígena en su relación con el Estado, propiciando una mayor afirmación de la identidad cultural indígena y el desarrollo del pluralismo jurídico a nivel regional.