El CAAAP dedica su atención a cuatro de los principales pueblos indígenas: Asháninka, Aguaruna, Shipibo-konibo y Kechwa-Lamista. Con el objetivo de cualificar su intervención concentra sus acciones en cuatro zonas geográficas:

San Martín
Selva Central
Ucayali
Loreto
Amazonas
Proyección Nacional